SARS-CoV-2 と COVID-19 に関するメモ・備忘録
コロナウイルスRNAがI 型インターフェロンの急増を引き起こし、トリプトファン腸吸収の減少、血小板の異常活性と減少症、MAOを介した分解作用の加速でセロトニンが減少。これが迷走神経の活動を妨げ、海馬の機能を損なうことで長期障害を起こしている可能性があるという研究https://t.co/qi7KNlENL6
— Angama (@Angama_Market) October 17, 2023
すごい。
long COVIDとセロトニンの減少について。
1540名のlong COVID患者を分類し、8種類に分類。それぞれを代表するlong COVID患者と急性期COVID-19患者、後遺症なく回復したCOVID-19患者を比較したところ、long COVID患者と急性期COVID-19患者でセロトニンの低下を認めた。→— Sukuna (@SukunaBikona7) October 17, 2023
他の全身性ウイルス感染においても同様のセロトニン低下を認め、他のウイルス感染でも一般的に見られる特徴である可能性が示唆された。
このセロトニン低下についてはI型IFNの信号を阻害することで防げることなどからI型IFNが関与していると考えられ、I型IFNはウイルスRNAを感知されることで
→— Sukuna (@SukunaBikona7) October 17, 2023
誘導されると示唆された。
このI型IFNがどのようにセロトニンを低下させるか調べたところ、①セロトニンの前駆体となるトリプトファンの腸管での取り込みの減少、②過凝固などによるセロトニンを全身に運ぶ血小板の減少、③セロトニンの代謝回転の促進の3つのメカニズムが認められた。
→— Sukuna (@SukunaBikona7) October 17, 2023
このセロトニンの減少は迷走神経の活性を減少させ、海馬の反応の抑制などにより記憶障害などの神経認知症状を引き起こしていることが示唆された。https://t.co/nqwJyW0IvQ
腸管などでのウイルスの持続感染⇨慢性的な炎症(I型IFN↑)⇨セロトニン低下⇨迷走神経機能障害⇨long COVID症状出現と→— Sukuna (@SukunaBikona7) October 17, 2023
これまでに判明していた複数の知見を綺麗に結びつけるような研究。
これが裏付けられれば、今後治療にも繋がるかもしれない。— Sukuna (@SukunaBikona7) October 17, 2023
◆Serotonin reduction in post-acute sequelae of viral infection【Cell 2023年10月16日】
Highlights
- Long COVID is associated with reduced circulating serotonin levels
- Serotonin depletion is driven by viral RNA-induced type I interferons (IFNs)
- IFNs reduce serotonin through diminished tryptophan uptake and hypercoagulability
- Peripheral serotonin deficiency impairs cognition via reduced vagal signaling
Summary
Post-acute sequelae of COVID-19 (PASC, “Long COVID”) pose a significant global health challenge. The pathophysiology is unknown, and no effective treatments have been found to date. Several hypotheses have been formulated to explain the etiology of PASC, including viral persistence, chronic inflammation, hypercoagulability, and autonomic dysfunction. Here, we propose a mechanism that links all four hypotheses in a single pathway and provides actionable insights for therapeutic interventions. We find that PASC are associated with serotonin reduction. Viral infection and type I interferon-driven inflammation reduce serotonin through three mechanisms: diminished intestinal absorption of the serotonin precursor tryptophan; platelet hyperactivation and thrombocytopenia, which impacts serotonin storage; and enhanced MAO-mediated serotonin turnover. Peripheral serotonin reduction, in turn, impedes the activity of the vagus nerve and thereby impairs hippocampal responses and memory. These findings provide a possible explanation for neurocognitive symptoms associated with viral persistence in Long COVID, which may extend to other post-viral syndromes.
Graphical abstract
コロナウイルス長期障害者の脳ではミクログリアの異常活性がアストログリオーシスを引き起こし、神経炎症を発症。これが異常グルタミン酸調節とグルコース代謝低下を招くことで神経学的症状を起こしている可能性があるという研究。https://t.co/CcwkeaaULt
— Angama (@Angama_Market) October 17, 2023
◆Brain fog in long COVID: A glutamatergic hypothesis with astrocyte dysfunction accounting for brain PET glucose hypometabolism【ScienceDirect 2023年10月13日】
Abstract
Brain [18F]FDG-PET scans have revealed a glucose hypometabolic pattern in patients with long COVID. This hypometabolism might reflect primary astrocyte dysfunction. Astrocytes play a key role in regulating energy metabolism to support neuronal and synaptic activity, especially activity involving glutamate as the main neurotransmitter. Neuroinflammation is one of the purported mechanisms to explain brain damage caused by infection with SARS-CoV-2. Microglial activation can trigger reactive astrogliosis, contributing to neuroinflammatory changes. These changes can disturb glutamatergic homeostasis, ultimately leading to cognitive fatigue, which has been described in other clinical situations. We hypothesize that glutamatergic dysregulation related to astrocyte dysfunction could be the substrate of brain PET hypometabolism in long COVID patients with brain fog. Based on these elements, we propose that therapeutics targeting astrocytic glutamate regulation could help mitigate long COVID neurological manifestations.
9/15時点でHV.1は2.5% https://t.co/QH9HtlahA2
— ramos2 (@ramos262740691) October 11, 2023
9/23
HV.1は5%https://t.co/LdHDWTpto2— ramos2 (@ramos262740691) October 11, 2023
9/30
HV.1は7%https://t.co/WmKnpEkQcU— ramos2 (@ramos262740691) October 11, 2023
10/10 今日
HV.1は12%、1位https://t.co/hLXUPKsYKD— ramos2 (@ramos262740691) October 11, 2023
1ヶ月もかからず1位まで走ったHV.1さん@米国
でした。— ramos2 (@ramos262740691) October 11, 2023
速過ぎる。
— Hiroshi Makita Ph.D. 誰が日本のコロナ禍を悪化させたのか?扶桑社8/18発売中 (@BB45_Colorado) October 12, 2023
この米国HV.1の速度は海外でも注目されています。
一方、日本はSigapore, China, South Koreaあたりから波及して同じプロファイルを引き継ぐ傾向があるので、他の子がいることでHV.1が入る隙をあまり残さない可能性があるかもしれません。https://t.co/hHJYZFIbDU— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
アメリカでは新型コロナウイルス変異株エリスのシェアを、HV.1株が塗り替えようとしているという情報。既に南東部、中西部域ではHV.1株が支配種になっている。 https://t.co/yZagz91R2E
— Angama (@Angama_Market) October 18, 2023
モルヌピラビルさん、米国政府のコロナ対策による支給品ではなくなる。
コマーシャルマーケットに以降するとはそういうこと。https://t.co/HKKV0kVShH— ramos2 (@ramos262740691) October 14, 2023
モルヌピラビルは臨床試験について色々言われた。また内部告発の問題もあった。特に50%有効性と出た中間解析速報が後で数値が下がったのは大きかった。
米国、日本は使い続けたが、今年2月P3で「感染者の同居家族が飲んでいた場合の予防効果」を示せなかったことも大きいだろう。— ramos2 (@ramos262740691) October 14, 2023
最近では、前から指摘されていたモルヌピラビルによる変異誘発リスクについて、より真剣に語られる様になった。
まだモルヌピラビル誘発変異株がヤバい株となって流行したことはなく、仮に生まれてもほぼ孤発例で終わっているが、リスクがあるという事実は変わらない。https://t.co/4UVICl5hAi— ramos2 (@ramos262740691) October 14, 2023
一方日本は今あらゆる薬が不足している状態である。モルヌピラビルでいいから欲しい、というのが日本政府の本音だろう。
この動きは日本にとっては良いニュースになるのだろうか?— ramos2 (@ramos262740691) October 14, 2023
モデルナからモデルナワクチン打とうぜ論文
SEIRモデルによる未来予測です。
どんな設定・仮定で予測したかが大事なので、まずはサプリ斜め読み。https://t.co/hGaQygfiA9— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
大事なのはサプリのこれかな。
1枚目、とりあえず2020/5-2023/8のこのSEIRモデルとIHMEぴったり合うから使えるでしょ。と
2枚目、ワクチン効果の減弱はオミ以降3.3%、スタートの有効性が低いからね
3枚目、人流ファクターをマスク着用率とかから算出する計算式で、直近はもう1。みんなマスク外しすぎ pic.twitter.com/4Uo5gc3UGt— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
で、XBBワクチンの有効性はどう設定したん?というと、去年のBA.4/5に対する有効性をそのまま代入したらしい。
つまりXBB対応ワクチンは今年の秋に去年と同じに効く前提。ちょっと乱暴。中和率データとかで補正しないんかい。
なので、2枚目を前提として。という注釈つきです。 pic.twitter.com/FSyxTfJmvI— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
で、こうなる。
ワクチンの減弱が想定の2倍か、半分かでえらく波の大きさが変わる。つまり、免疫回避株がすぐ来るか?これ以上免疫回避なんかしないか?がとても波の大きさに影響しそう。
その意味では有効性の数〜10%差より新規変異株の発生に注視すべきだろう。という気が直感的に思うこと。 pic.twitter.com/W9G73L3HbZ
— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
この論文の評価すべき点はICER 、コスト試算までしていること。
昔からPCRがコストエフェクティブと試算した論文、あれかなり感染2対する設定が甘かったりPCR代が高すぎたりしてるんだけど、それでも度々紹介してるのは、コスト試算論文が少ないから。モデルナがワクチン会社として pic.twitter.com/PljdwqF09t
— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
社会的責任を負う以上、細かい枝葉の話は置いといて、コスト試算論文を出してきた事実は素直に評価したい。
あ、あと去年並みにワクチン打ってくれること前提です。
5類化とかで皆の意識が薄れていますが、1つ警告しておきますと、僕は今年こそ打とうかと考えています。何故?
ベースライン高杉君— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
ベースライン高杉君なので、今年の冬を僕は(夏の感染者数多い→獲得免疫圧最高に期待しつつ)これまでで一番恐れている。医療資源の観点から。
たぶん賢い人ほど今年こそ打つのかな。
ま、でもみんな打たないと意味ないんだけど。それでも後遺症低減効果とかに期待して結局打つのかな。そんな感じ。— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
はい、次
最近やる気失くしてるけど最低BA.2.86論文は抑えておきたい。
どうも、Twitter海外垢みても、免疫回避はXBB程度だった!ヤッター!と希望的な反応が多い。それは確かにワーストシナリオが当たらない意味ではそうなんだけどね。でもそもそもXBBが最強ryhttps://t.co/EogfbSzNGR— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
もう大事なのは、これ一択。
この検討の何が素晴らしいかっていうと、ちゃんと武漢株も同時に評価、そして同じグラフに載せてくれていること。 pic.twitter.com/5cfVKqiov8— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
はい。じゃあ武漢株へのinitialワクチン有効性が95%として、
BA.2.86への有効性を予測しましょう。
Natureの例の図使って。95%は横軸4あたり。なので横軸4÷117で
横軸0.03のとこ見れば有効性がわかるよ!!そんな横軸あるか!ぼけぇ! pic.twitter.com/AeBX6G6xW8
— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
じゃOmicronに感染済みorOmicronワクチン済みの人の血液は?
Fにある。こんな感じ。XBBもう強い。
武漢株ワクチンは慌てて作ったから量が多過ぎた。95%有効性なんて、のこり5%はもともとワクチン無反応性の特異体質とかでほぼ上限だろって、乱暴に言うとそんな話も有り pic.twitter.com/F8ZyqGR0nL
— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
じゃ、BA.1感染orワクチン者のBA.1に対する有効性を70%と仮定してみよう。
natureの図の横軸0.5あたり。0.5÷14=0.035
なので横軸0.035のところからOmicron獲得免疫者のXBB, BA.2.86への防御力見れるよ!だからそんな横軸ねぇよ!ゼロだよ!ざっけんな! pic.twitter.com/EOD3FgTnY8
— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
BA.1ワクチンor感染のBA.1に対する防御力は、95%だ!と思い込むことにしよう。Omicron以降再感染率上がってるけど、ま、希望もみたいじゃん?
さて、4÷14=0.28のとこを見ればいいから。
50%有効性。
やったぁ← pic.twitter.com/3RRQs781IV— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
ま、でもそんな訳はない。
さっき論文紹介したモデルナのSEIRモデルのやつ、去年の二価ワクチンのデータそのまま当てはめた言うてた。つまり、BA.4/5対する二価ワクチンの効果は55-57% pic.twitter.com/oOM8z9r10Y
— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
つまり、横軸で0.25付近。
Omicron以降、再感染率が上がり、再度ワクチンしてもこの程度になった。と考える方が無難。つまり0.25÷14が、今の僕ら(最近XBB感染して免疫獲得した人除く)の防御力 pic.twitter.com/cN0cP0Sq6P
— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
つまり、Fig1時点で分かるけど、まず皆さんXBB対応ワクチン打つしかないよ。変異の度にワクチン打つしかない。
(早くこんな頻繁にワクチン打つ必要ない様に開発してくれ…)そしてそれでも武漢株の頃ほどの効果は望めない。
さらにまたさっきのモデルナSEIR論文からついでに引用するが— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
50歳以上のMortality、死亡率は30 代の10倍〜35倍だからね。
ウイルス名『高齢者殺し&ステルス後遺症』で良かったんじゃねぇの?ってくらい性格悪い子が新型コロナ。
そこも思い出しておきたい。 pic.twitter.com/1NqEPFGXi0— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
ちなみに
ワクチン→BTI の人たちでも下に8人くらいXBB感染者がいる。そこから今年感染した人達のBA.2.86抵抗性を弾き出せる。その人達のBA.2.86への戦闘力は110〜2175で、平均757
とすると、やっぱりXBBに今年感染した人はBA.2.86にも50%後半の防御力を持ちそう。 pic.twitter.com/mXr7u8dXZI
— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
それが感染に対しては1ヶ月で4.8%ずつ減弱していくので
8月に感染した人→12月の防御力は54-19.2=34.8
5月に感染した人→12月の防御力は54-33.6=20期待できる獲得免疫圧力はこの程度か。 pic.twitter.com/nARVXKiPeN
— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
つーわけで、12月-1月の増加を見越して11月にワクチン打って、増加時期には45-50%の防御力、丁半博打を手に入れると。
後はひたすら自衛。これしかないかなと。
— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
最後にFig2
CPEは相変わらず低くて、毒性懸念はこれまでのOmicron同様と思っていいよとの図かな。
でもこれ結局、Omicron以降感染成立しにくくなっているVero細胞試験系なので、個人的には実態を反映しない試験系かもね。と冷ややかに見ている。 pic.twitter.com/YfQIdIQIUA— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
まとめよ
Omicron以降感染もワクチンもなし→XBB及びBA.2.86への抵抗性0。当たり前Omicron対応ワクチン打ったor去年Omicron感染済み
→XBB及びBA.2.86への抵抗性0。
去年から言ってるけど改めてXBB以降つぇぇ…今年XBB感染した!最新免疫だぜ!
→12月、20-30%防御力を発揮— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
XBB対応ワクチン打つ予定です!
→12 月、45-50%防御力発揮予定以上です。
— ramos2 (@ramos262740691) October 15, 2023
◆Evolution and neutralization escape of the SARS-CoV-2 BA.2.86 subvariant【medRxiv 2023年9月8日】
Abstract
Omicron BA.2.86 subvariant differs from Omicron BA.2 as well as recently circulating variants by over 30 mutations in the spike protein alone. Here we report on the first isolation of the live BA.2.86 subvariant from a diagnostic swab collected in South Africa which we tested for escape from neutralizing antibodies and viral replication properties in cell culture. BA.2.86 did not have significantly more escape than Omicron XBB.1.5 from neutralizing immunity elicited by infection of Omicron subvariants ranging from BA.1 to XBB, either by infection alone or as breakthrough infection in vaccinated individuals. Neutralization escape was present relative to earlier strains: BA.2.86 showed extensive escape both relative to ancestral virus in sera from pre-Omicron vaccinated individuals and relative to Omicron BA.1 in sera from Omicron BA.1 infected individuals. We did not observe substantial differences in viral properties in cell culture relative to XBB.1.5. Both BA.2.86 and XBB.1.5 produced infection foci of similar size, had similar cytopathic effect (both lower than ancestral SARS-CoV-2), and had similar replication dynamics. We also investigated the relationship of BA.2.86 to BA.2 sequences and found that the closest were BA.2 samples from Southern Africa circulating in early 2022. These observations suggest that BA.2.86 is more closely related to sequences from Southern Africa than other regions and so may have evolved there, and that evolution led to escape from neutralizing antibodies similar in scale to recently circulating strains of SARS-CoV-2.
上でBA.2.86の免疫回避能XBB程度じゃね?論文を紹介したが。
Cao研から来たデータを見ると、少なくともBA.2.86.1.1=JN.1はそんなことない。更なる免疫回避ある。ACE2結合力は落ちているけど。https://t.co/uHnDTV8EIW
— ramos2 (@ramos262740691) October 19, 2023
Updates on several concerning variants, JN.1 (BA.2.86+L455S), JD.1.1(FLip+A475V), HV.1(EG.5+L452R).
1) L455S on BA.2.86 (JN.1) greatly increases antibody evasion at the cost of ACE2 binding.
2) HV.1 and JD.1.1 are more evasive than FLip but display lower ACE2 binding as well. 1/3 pic.twitter.com/H5bhHkKUFb— Yunlong Richard Cao (@yunlong_cao) October 18, 2023
L455S mainly escapes Class 1 neutralizing antibodies, which made up for the weakness of BA.2.86 (vulnerable to Class 1 Abs). Of note, FLip + A475V could evade almost all of Class 1 Abs, which explains why we have seen so many A475V mutations on FLip variants recently. 2/3 pic.twitter.com/RKfzAHFYrS
— Yunlong Richard Cao (@yunlong_cao) October 18, 2023
These data again emphasize that high ACE2 binding affinities, such as FLip (455F+456L) variants and BA.2.86, would allow fast collections of mutations that can further boost immune evasion. 3/3 pic.twitter.com/dgcS8r3jYm
— Yunlong Richard Cao (@yunlong_cao) October 18, 2023
米国で1ヶ月凄い速度を魅せているHV.1も免疫回避凄い。
今日本で速度高いHK.3.1も実は免疫回避能HV.1に近く、何よりHK.3.1はACE2結合力高めが少し気になるところ。
そしてJN.1は免疫回避がさらに凄い。ほんとまだ回避できるのね&新しい子が出てくるの早いねぇ。 pic.twitter.com/Y4HCXIQ99e
— ramos2 (@ramos262740691) October 19, 2023
今はとりあえず暫定として、
米国→HV.1からのJN.1
アジア圏→HK.3からのJN.1かなと思ってます。
たぶん冬はまだHK.3やってて、2-3月JN.1かな?
で、XBB対応ワクチンの対XBB有効性が、50%台後半と目されているので、
HK.3には20%くらいの発症防御力かなと見ています。Vaxより換気の方が強そうね pic.twitter.com/bw4PJWrPjI
— ramos2 (@ramos262740691) October 24, 2023